Pembabitan awal bersama Perak

Beliau menyertai Akademi Bola Sepak Perak semasa zaman remajanya. Beliau dimasukkan ke pasukan utama pada tahun 2002 dan membantu Perak kekal beraksi di Liga Perdana Satu Malaysia pada tahun 2002 dan 2003.

Berhijrah ke Pahang

Pada tahun 2004, Indra Putra berpindah ke Pahang dalam satu perpindahan berprofil tinggi. Beliau membantu Pahang pada tahun 2004 untuk memenangi edisi pertama Liga Super Malaysia. Selain itu, beliau menjadi pemenang pertama Kasut Emas Liga Super edisi pertama dengan 15 gol dalam 21 perlawanan, sekali gus mencipta sejarah gemilang beliau bersama Pahang. Indra Putra Mahayuddin dikatakan sebagai pemain bola sepak Malaysia yang terbaik pada masa kini oleh bekas jurulatih Perak, Steve Darby. Karier beliau bersama Pahang dilihat tercalar selepas beliau dituduh dalam penyalahgunaan dadah. Tetapi, itu brjaya ditepis selepas berjaya dalam ujian air kencing yang dilakukan[3] dan membawa pasukan memenangi Piala FA pada 2006[4].

Berhijrah ke Selangor

Beliau memulakan langkah ke Selangor pada musim 2007-2008 dengan membawa pasukan mara ke perlawanan akhir Piala FA dan Piala Malaysia pada 2008, tetapi hajat untuk membawa balik piala tersebut dihalang oleh Kedah[5].

Beliau dilihat kurang menyerlah bersama Selangor dan desas-desus perpindahan beliau mulai timbul.

Menyertai Kelantan

Selepas berakhirnya Liga Malaysia 2007/08, kontrak Indra dan beberapa orang rakan sepasukannya seperti Megat Amir Faisal Al Khalidi Ibrahim dan Muhammad Shukor Adan tidak disambung.[6]

Selepas berakhirnya Pestabola Merdeka 2008, Indra menyertai Kelantan dan bergandingan semula dengan Muhamad Khalid Jamlus.

Indra Putra agak menyerlah dalam musim pertamanya bersama Kelantan. Dia menjaringkan 14 gol dalam 21 penampilan Liga Super Malaysia. Dia turut meledak 4 gol pada pertandingan Piala FA Malaysia tetapi gagal membantu Kelantan menjuarai piala tersebut setelah dia gagal menyempurnakan sepakan penalti pada perlawanan akhir.

Pada kempen Piala Malaysia, Indra muncul selaku penjaring terbanyak Piala Malaysia 2009 dengan 11 gol dalam 10 penampilan.[7]

Bersama T-Team (2011)

Beliau memulakan langkah ke sebuah pasukan berstatus kelab[8], T-Team bersama Norfarhan dan Azizi Mat Rose walaupun mereka mengecap kemasyhuran bersama Kelantan. Tindakan ini dikecam oleh Datuk Anuar Musa, tetapi tiada tindakan yang dapat dilakukan selepas dibawa ke Jawatankuasa Status Pemain Persatuan Bola Sepak Malaysia (FAM). Beliau akhirnya sah bersama pasukan barunya.[9]

Bersama T-Team, gandingan beliau bersama Haris Safwan berjaya memberi saingan tetapi permulaan yang baik kurang menyerlah apabila menamatkan saingan Liga Super ditangga ke-9 dan tersingkir di pusingan awal Piala FA 2011. Beliau memanfaat pengalaman bermain bersama Kelantan dengan membantu pasukan menang keatas bekas pasukannya, selain membantu pasukan memenangi setiap perlawanan dengan Selangor dalam setiap pertemuan musim ini (Liga Super dan Piala Malaysia). Kejutan berlaku dalam kancah Piala Malaysia apabila berjaya mara ke pusingan separuh akhir tetapi dihampakan oleh Negeri Sembilan.

Pada Akhir tahun 2011 beliau telah kembali beraksi bersama-sama dengan kelab bola sepak Kelantan bersama-sama Azizi Mat Rose dan Norfarhan Mohamad.[10]

Bersama Skuad Kebangsaan

Pemain kaki kiri ini mewakili Malaysia ke Sukan SEA 2003 di Hanoi, Vietnam, Piala Liga Perdana Inggeris Asia, dan juga Piala Tiger 2002 di Negara Thai.

Pada tahun 2007, beliau dipanggil oleh ketua jurulatih Malaysia Norizan Bakar untuk Piala Asia 2007 pada bulan Julai, yang diadakan di Negara Thai, Indonesia, Vietnam, dan Malaysia. Di kejohanan ini, dia menjadi satu-satunya pemain Malaysia yang berjaya menjaringkan gol. Pada tahun 2008, Indra Putra mewakili pilihan Malaysia atau Malaysia XI untuk perlawanan menentang Chelsea. Pada perlawanan ini, Malaysia XI tewas 0-2.[11]

Pakar sepakan percuma

Indra Putra memiliki kemahiran untuk melakukan jaringan gol melalui sepakan percuma. Antara gol yang dijaringkannya menerusi sepakan percuma adalah perlawanan menentang Myanmar pada Pestabola Merdeka 2008, Piala AFF Suzuki menentang Vietnam, dan pada perlawanan akhir Piala Malaysia 2009 menentang Negeri Sembilan.[12]